年頃ゆえの反発心から家を飛び出し、亡き祖父が営んでいた時計店に住み込んでいる主人公
　 『槙島　萩介』。
自分も将来は時計屋になりたいと思いながらも、まだ先のこととのんびり構え、平穏かつ退屈な
　 ぬるま湯の日々を送っている。

ところがある日の夜深く、小さな女の子が店へとやって来たことから事態は一変する。
「この時計を修理して」
と必死で訴えてくる女の子の頼みを断りきれず、祖父の見よう見まねで渡された懐中時計をいじる萩介。
その時計を身につけた女の子は突然、萩介と同年代の少女に大変身！
どうやら萩介が中途半端にいじったことが原因で、少女の時間が狂ってしまったらしい。

時間を固定するためには、二人で作った”楽しい記憶”が結晶化した歯車を使い、時計を完全に
　 修理しなければならない。
こうして萩介は、アミリと名乗る不思議な少女と思い出作りに励むことになる。

果たして、見た目の年齢がコロコロ変わる少女の正体は！？
また、時を同じくして周囲で起こりはじめる”時間”に関する事件との関連は！？