マルクジェネ――。

それはこの惑星の歴史上幾度も出現し、世界征服をもくろんだ悪の秘密結社。
かつて正義のヒロイン「プリマヴェール」たちとの激闘の後、その野望は潰えたかと思われた。

しかし、悪は決して滅びはしない。
悪の組織は今ここに、新たな産声を上げたのである。

偉大なるマルクジェネ皇帝の血筋を引く男にして主人公『プリンス』。
そして彼が尊敬してやまない偉大な兄『フォルクハルト』。
互いを良きライバルとし、競い合う二人が率いるマルクジェネは活動を再開した。
──しかし悲劇は突然に起こる。

マルクジェネの復活に呼応するように、新たなるプリマヴェールもまた現れたのである。
その戦闘でフォルクハルトが指揮する部隊は惨敗。
それだけでなく、失敗の責任を負う形でフォルクハルトは大きく降格させられてしまう。

そんな兄の無念を晴らすべく、プリンスもまた宿敵プリマヴェールに戦いを挑もうとする。
しかし、いくら決意が固くとも現実の力の差は如何ともしがたかった。
プリンスもまた、兄同様に追い込まれ、二人のプリマヴェールが放つ必殺の力を食らってしまう。

誰もがプリンスの死を覚悟した。──だが、彼は死ななかった。

奇跡的に一命をとりとめ、死の淵から蘇ったプリンスは“ある力”を手にしていた。
それこそが『プリマヴェールの力を無効化できる力』。

まだ完全ではないものの、その力を使いプリンスはプリマヴェール・セレネの捕獲に成功。
その成功を機にマルクジェネは反撃ののろしを上げる。
今再び、世界を我が手にするため。
マルクジェネの名のもとに世界を統一するための大いなる作戦。

その名こそ『Ω（オメガ）作戦』

正義と悪。様々な思惑が絡み合った、新たにして最大の戦いが今、始まる！